chore: clean up project structure

- Moved temporary documents to docs/archive/
- Moved test scripts to scripts/manual-tests/
- Organized project root directory for better maintainability

Author: Libres-coder

docs/archive/CI_FIX_SUMMARY.md

@@ -1,221 +0,0 @@
-# CI 修复总结
-
-**时间**: 2025-11-28  
-**问题**: CI 失败 - 包名引用不一致  
-**状态**: ✅ 已修复
-
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-
-## 🚨 问题描述
-
-### CI 错误信息
-
-```
-ERR_PNPM_WORKSPACE_PKG_NOT_FOUND  
-In packages/mcp-server: "@parseflow/core@workspace:*" is in the dependencies 
-but no package named "@parseflow/core" is present in the workspace
-
-Packages found in the workspace: parseflow, @parseflow/mcp-server, parseflow-core
-```
-
-### 根本原因
-
-在发布 npm 包时，我们将包名从 `@parseflow/core` 改为 `parseflow-core`（避免需要创建 npm 组织），但忘记更新 `mcp-server` 包中的引用。
-
-**不一致的地方**：
-- ❌ `mcp-server/package.json`: 依赖 `@parseflow/core`
-- ❌ `mcp-server/src/*.ts`: 导入 `@parseflow/core`
-- ✅ `pdf-parser-core/package.json`: 包名 `parseflow-core`
-
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-
-## 🔧 解决方案
-
-### 1. 更新 package.json 依赖
-
-**文件**: `packages/mcp-server/package.json`
-
-```diff
-"dependencies": {
-  "@modelcontextprotocol/sdk": "^0.5.0",
-- "@parseflow/core": "workspace:*",
-+ "parseflow-core": "workspace:*",
-  "dotenv": "^16.3.1",
-  "winston": "^3.11.0",
-  "zod": "^3.22.4"
-}
-```
-
-### 2. 更新源代码导入语句
-
-**文件**: `packages/mcp-server/src/tools/index.ts`
-```diff
-- import { PDFParser, type TOCItem } from '@parseflow/core';
-+ import { PDFParser, type TOCItem } from 'parseflow-core';
-```
-
-**文件**: `packages/mcp-server/src/server.ts`
-```diff
-- import { PDFParser } from '@parseflow/core';
-+ import { PDFParser } from 'parseflow-core';
-```
-
-**文件**: `packages/mcp-server/src/resources/handler.ts`
-```diff
-- import { PDFParser } from '@parseflow/core';
-+ import { PDFParser } from 'parseflow-core';
-```
-
-### 3. 同时修复的问题
-
-**文件**: `packages/pdf-parser-core/package.json`
-
-```diff
-"dependencies": {
-  "pdf-parse": "^1.1.1",
-- "pdfjs-dist": "^4.0.379"  ← 未使用的依赖
-+ "pdf-lib": "^1.17.1"      ← 实际使用的依赖
-}
-```
-
-这个问题在本地测试时发现，v1.0.0 缺少 `pdf-lib` 依赖导致导入失败，已在 v1.0.1 修复。
-
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-
-## ✅ 验证结果
-
-### 本地验证
-
-```bash
-# 重新安装依赖
-pnpm install
-✅ 成功
-
-# 构建项目
-pnpm build
-✅ 成功
-
-# 运行测试
-pnpm test
-✅ 52/52 通过
-```
-
-### 预期 CI 结果
-
-GitHub Actions 应该能够成功完成：
-- ✅ 依赖安装
-- ✅ 项目构建
-- ✅ 测试执行
-- ✅ Lint 检查
-
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-
-## 📦 npm 包状态
-
-### v1.0.0
-```
-❌ 问题: 缺少 pdf-lib 依赖
-状态: 已发布但有问题
-```
-
-### v1.0.1
-```
-✅ 修复: 添加 pdf-lib 依赖
-状态: 已发布，正常工作
-链接: https://www.npmjs.com/package/parseflow-core
-```
-
-**用户应该使用**: v1.0.1 或更高版本
-
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-
-## 🎯 经验教训
-
-### 1. 包名变更的影响
-
-当更改包名时，需要更新：
-- [x] package.json 的 `name` 字段
-- [x] package.json 的 `dependencies` 引用
-- [x] 源代码的 `import` 语句
-- [x] README 中的安装说明
-- [x] 文档中的所有引用
-
-### 2. Monorepo 中的依赖管理
-
-在 monorepo 中，内部包之间的依赖使用 `workspace:*`：
-```json
-{
-  "dependencies": {
-    "parseflow-core": "workspace:*"
-  }
-}
-```
-
-这会自动链接到工作区中的本地包。
-
-### 3. 测试覆盖
-
-**应该测试的场景**：
-- ✅ 本地构建
-- ✅ 本地测试
-- ✅ npm pack（打包测试）
-- ✅ npm install（实际安装测试）
-- ✅ 导入测试（验证可以正常导入）
-- ⚠️ CI 环境测试（推送前）
-
-### 4. 依赖检查
-
-发布前检查清单：
-- [ ] 所有使用的依赖都在 `dependencies` 中
-- [ ] 没有未使用的依赖
-- [ ] 版本号正确
-- [ ] 包名引用一致
-
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-
-## 🔄 修复提交
-
-```
-commit eeb1e4b
-fix: update package references from @parseflow/core to parseflow-core
-
-- 更新 mcp-server 的 package.json 依赖
-- 更新所有源文件的导入语句
-- 修复 pdf-parser-core 的依赖配置
-- 版本升级到 v1.0.1
-```
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-
-## 📊 影响范围
-
-### 受影响的组件
-- ✅ `@parseflow/mcp-server` - MCP 服务器包
-- ✅ `parseflow-core` - 核心库包
-- ✅ CI/CD 流程
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-### 用户影响
-- ✅ **MCP 用户**: 无影响（使用本地构建）
-- ✅ **npm 用户**: 应使用 v1.0.1+
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-
-## 🎉 结果
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-**CI 修复完成！** ✅
-
-```
-状态: 已修复
-提交: eeb1e4b
-推送: ✅ 已推送到 GitHub
-CI: ⏳ 等待验证
-```
-
-**下次推送应该能看到绿色的 ✅ 了！**
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-**修复者**: Cascade AI  
-**时间**: 2025-11-28 16:44  
-**验证**: 本地测试通过，等待 CI 确认
-