WindowsではGitの設定core.autocrlfはtrueがデフォルトです。この場合、vim-jp/vimdoc-jaのdoc/tags-jaファイルは改行がCRLFに翻訳されてチェックアウトされますが、minpac#update()で:helptagsが実行されると、出力されるファイルはLFのため、次のアップデート時に変更ありと見なされて衝突が発生します。
doc/tags*ファイルがリポジトリのindexにある場合は:helptagsを実行しないべきと思います。
(tagsファイルを手書きしているプラグインが存在する可能性も考えると)